אנטיביוטיקה היא אחת התרופות הנפוצות ביותר לטיפול בילדים. למרות היותה תרופה מצילת חיים, לאנטיביוטיקה ישנן תופעות לוואי נפוצות ולא נעימות, לרבות שלשול הקשור לאנטיביוטיקה. שלשול זה נגרם מהפרעה במיקרוביום המעי, שכן אנטיביוטיקה רחבת טווח הורגת לא רק את החיידקים הפתוגנים הגורמים למחלה, אלא גם את המיקרואורגניזמים המועילים במעי.

מערכת העיכול של אדם מבוגר מהווה בית לאלפי מיקרואורגניזמים שונים, המוכרים כ"מיקרוביוטה של מערכת העיכול". מספר התאים הבקטריאליים במיקרוביוטה גדול פי עשרה ממספר התאים האנושיים בגוף. מחקרים עדכניים מדגישים את התפקיד המרכזי של המיקרוביוטה בבריאות האדם.